L’origine della grotta di san Michele risale a circa 100 milioni di anni fa. La sua formazione è determinata dalla massiccia presenza di calcare nel nostro territorio e dalla coincidenza di tre lame nella stessa zona. Come è noto, nel Cenozoico è avvenuta l’orogenesi appenninica, vale a dire lo spostamento di placche che hanno determinato la formazione degli Appennini. Questo fenomeno ha provocato l’emersione della Puglia, prima sommersa dal mare, e quindi di grandi banchi calcarei, che costituiscono il nostro territorio. La conseguenza è stata un’ondulazione del territorio e quindi la formazione di fratture nella crosta, che hanno permesso l’infiltrazione dell’acqua e quindi la formazione della grotta.
La grotta di San Michele si trova a nord di Minervino Murge, in una vallata che porta il nome di San Salvatore. In questa vallata sfocia, nei periodi di abbondanti precipitazioni il fiumiciattolo denominato Matitani. La zona si è rivelata ricca di insediamenti risalenti al VII sec. Con ogni probabilità il primo nucleo abitativo minervinese fu realizzato in questa zona proprio per la presenza di acqua e quindi di terre fertili.
Le testimonianze storiche risalenti all’anno 1000, parlano di una spelonca dedicata al Santissimo Salvatore. Intorno al 1600 essa è già dedicata al culto di San Michele, lo attestano, oltre alle testimonianze scritte, il flusso di pellegrini che arrivavano da Monte Sant’Angelo, sul Gargano e l’affresco dell’arcangelo all’ingresso della grotta. Fino agli inizi del XIX secolo un eremita viveva presso la grotta, nelle stanze che ancora oggi vi sono addossate.
La grotta presenta un’apertura sulla sommità, che è la via d’accesso naturale e fornisce la luce all’interno. Una lunga scalinata in pietra conduce verso l’altare centrale in breccia corallina, dove si trova anche una statua in gesso dell’arcangelo. Nel 1733, a causa di un terremoto che impaurì i minervinesi, i quali non vollero più scendere fino in fondo, fu costruito un altare laterale, lungo le scale, che presenta anche un affresco del “crocifisso nero”, venerato in cattedrale. È interessante notare anche due torrioni in pietra, sede per i nobili durante le celebrazioni, su uno dei quali è una stalagmite, detta “ginocchio di santa Lucia”. L’altare è circondato da quattro colonne che, con una precedente copertura in legno, formavano un antico ciborio.
La festa di S. Michele viene celebrata nella grotta l’8 maggio, secondo il culto normanno, contrariamente al culto romano che la vuole il 29 settembre.